Die Karten sind gemischt. Die Welten in Baten Kaitos schweben. Die Bewohner dieser Gefilde haben sich ihrer Welt angepasst und fast alle haben Flügel entwickelt, um zu bestehen. Doch man erzählt sich noch alte Geschichten aus länst vergangenen Tagen, als es noch Ozeane und Festland gab. Zu dieser Zeit existierte auch ein Tyrann mit Namen Malperico. Trotzdem gelang es den Menschen schließlich sich von ihm zu befreien, indem sie ihn in 5 spezielle Magnus-Karten verbannten. Damit seine Macht nie wieder erstarken sollte, verbargen sie diese 5 Karten in möglichst weit voneinander entfernten, geheimen Schreinen. Doch nun sucht Geldobarm, der Kaiser des Kontinents Alfard, nach diesen Karten. Mit ihrer Hilfe will er den Tyrannen zurückholen und sich seine Macht zu Eigen machen. Die junge Xelha erfährt von diesem furchtbaren Plan und bricht auf, um diese Untat zu verhindern. Das Schicksal will es, dass sie auf ihrer Reise Kalas begegnet. Kalas unterstütz Xelha nur zu gern bei ihrem Vorhaben, denn er sinnt auf Rache gegen den Kaiser, dessen Schergen für den Tod seines Großvaters und Bruders verantwortlich sind. Also beginnt die gefährliche Reise der beiden Helden, von deren Erfolg das Schicksal der schwebenden Kontinente abhängt.